Behandlingen sker i enlighet med finska riktlinjer för aktuell vård. Patienternas speciella problem kräver dock ofta individanpassade lösningar. Majoriteten av patienterna lider av schizofreni. Patienterna uppvisar ofta våldsamt beteende och aggressivitet samt missbruksproblem. Många av dem har tidigare vårdats på andra psykiatriska sjukhus. Detta är några av de faktorer som ställer särskilda krav på vården, de använda behandlingsmetoderna samt den relaterad forskning och utveckling som bedrivs vid Niuvanniemi sjukhus.
Patienten i fokus och mångprofessionellt samarbete är utgångspunkten för planeringen av behandlingen, dess genomförande och utvärdering. Redan från början deltar patienterna i behandlingen i mån av individuell förmåga. Vid bedömning av patientens behandlingsbehov används en holistisk och biopsykosocial modell. Patientenkäter ger värdefull information om hur nöjda patienterna är med sin behandling. Denna återkoppling utgör ryggraden i den patientorienterade vård som krävs enligt sjukhusets system för kvalitetskontroll.
När patienter anländer till sjukhuset kräver sjukdomsgrad och tendenser till våldsamt beteende ofta att behandlingen inleds på sjukhusets mest säkra avdelningar. Farmakologisk behandling krävs ofta för att etablera det grundläggande samtycke som krävs för att behandla patienten, tillsammans med samtidiga och gradvis ökande interaktiva behandlingsmetoder. När patientens kontroll över sjukdomen och det våldsamma beteendet förbättras flyttas hen till en avdelning som erbjuder större frihet under ansvar.
Innan patienten skrivs ut från sjukhuset får hen öva på livshantering och självkontroll på en behandlingsavdelning med fokus på rehabilitering. Detta innebär vanligtvis ledighet i hemmet, besök hos släktingar och vårdhem eller sjukhusvistelse för ytterligare rehabilitering.